tNGS助力人偏肺病毒流行病学研究，推动感染性疾病精准诊疗
近日，吉林大学第一医院乐群院区与迪安诊断（300244）合作完成的一项临床研究，发表于国际期刊《Frontiers in Cellular and Infection Microbiology》（JCR 1区）。
这项研究依托迪安诊断建设的全省数字医学诊断技术重点实验室（浙江），揭示了人偏肺病毒感染的临床特征，为病毒防治提供了新思路，或将有助于未来的靶向治疗。
人偏肺病毒（HMPV）是急性呼吸道感染的常见病原体。它最初由Van den Hoogen于2001年发现，是一种全球流行的呼吸道病毒，能够感染所有年龄段的个体，在婴儿、幼儿、老年人和免疫功能低下人群中的患病率较高。近年来，国内外的疾病预防控制机构对该病毒关注度不断提升。感染HMPV的患者，从潜伏期结束到急性期，都具有传染性，感染后的免疫保护期相对较短，因此有可能反复感染。
HMPV感染的症状通常表现为上呼吸道感染症状，包括发烧、咳嗽、鼻塞、流鼻涕和声音嘶哑，大多数症状会在大约一周内缓解。严重病例可能会出现毛细支气管炎、重症肺炎和急性呼吸窘迫综合征（ARDS）等并发症。目前，还没有针对HMPV感染引起肺炎的疫苗或特定治疗方案。
本研究旨在分析吉林省HMPV病毒感染者的人口统计学特征和治疗效果。
研究方法
研究团队通过tNGS（靶向高通量测序）技术，对吉林大学第一医院乐群院区的呼吸道感染患者（2023年9月至2024年2月期间）进行了回顾性队列分析。本研究的重点是HMPV感染患者，包括该病毒单独感染和合并感染。
收集的数据包括人口统计学、主要病症、感染症状、发病到入院的时间、实验室检查结果、病程、住院时间、并发症和恢复期。研究计算了每位患者的意识障碍-尿量-呼吸频率-血压-65岁（CURB-65）评分，以评估疾病的严重程度。
研究结果
本次研究对象共包括525名患者，其中，10名患者（15.2%）仅感染了HMPV，56名患者（84.8%）同时感染了HMPV和其他病原体。其余459名患者未感染HMPV（图1）。
图1 下呼吸道感染患者分组
统计研究人群中感染HMPV和未感染HMPV患者（表1），单纯HMPV感染者和合并感染者（表2）的人口统计学和临床特征，有以下发现：
与未感染HMPV的患者相比，感染HMPV的患者具有明显的人口统计学特征。感染组中男性比例较高，同时伴有咳嗽和发热特征的比例也较高，感染组患者合并高血压的比例较高。单纯感染HMPV的患者男性比例较低，发热和咳嗽的比例较高。单纯HMPV感染患者从发病到入院的时间较长（表2）。
表1 是否有HMPV感染的人口统计学和临床特征
表2 单纯HMPV感染者和合并感染者人口统计学和临床特征
根据是否感染HMPV（表3）、是否单独感染HMPV（表4）进行了两次分组研究。CURB-65评分大于或等于2分的未感染患者比例较高（81%），而感染HMPV的患者比例仅为13%，两者差异显著（p<0.05），但血常规化验结果没有统计学意义上的显著差异（p>0.05）。对单独和合并感染HMPV病毒的患者，血常规化验结果和CURB-65评分差异均无统计学意义（p>0.05）。
表3 是否有HMPV感染的入院临床检查结果
表4 单纯HMPV感染者和合并感染者的入院临床检查结果
研究对象中，从2023年9月到2024年2月，确诊为下呼吸道感染的患者人数呈上升趋势。HMPV感染率分别为10月（18.18%）、11月（18.18%）、12月（15.15%）、1月（30.30%）和2月（18.18%），其中1月的阳性率最高（图2）。
图2 下呼吸道感染患者中病原体和HMPV阳性率以及单月HMPV阳性比例
共有66名患者感染了人偏肺病毒，其中15.2%为单独感染，84.8%与其他病原体合并感染。此研究中发现的最常见的合并感染类型包括：细菌和病毒合并感染（24.24%）、细菌和真菌及病毒合并感染（27.27%），其余类型的合并感染率均低于10%（图3A）。除HMPV外，tNGS检测到的最普遍病原体是人类疱疹病毒，其次是白色念珠菌和肺炎链球菌（图3B）。
图3 HMPV患者的感染类型
在459名未感染HMPV者中，最常见的感染类型是合并感染（78.87%）和单一感染（21.13%）。最常见的合并感染病原体是细菌和病毒（34.86%）以及细菌、真菌和病毒（28.76%）（图4A）。在合并感染中，tNGS检测到人类疱疹病毒是最常见的病原体，其次是白色念珠菌、肺炎克雷伯菌和肺炎链球菌（图4B）。
图4 未感染HMPV患者的感染类型
通过对入选患者的病毒感染数据进行统计，发现人偏肺病毒与鼻病毒的相关性最为明显，相关系数为0.21。意外地发现，HMPV与大多数DNA病毒呈负相关，与大多数RNA病毒感染呈正相关。（表5）
表5 病毒合并感染的相关系数
研究表明，感染人偏肺病毒患者的住院时间较长。统计结果显示，未感染人偏肺病毒的患者，住院时间超过十天的仅有26.8%，远低于感染人偏肺病毒患者（42.4%）。（表6）
表6 初诊结果及住院时间统计
研究小结
这项研究通过比较HMPV感染者和未感染者、单独感染病毒者和与其他病原体合并感染者的结果，分析了HMPV感染的临床特征。研究结果从患者高频感染月份、治疗效果、治疗持续时间和合并感染等方面进行了总结。
通过本次研究，也希望鼓励更多医生关注HMPV病毒感染，助力疾病的早发现、早治疗，缩短患者的治疗周期。未来，针对特定感染株的靶向治疗，将会成为临床医生长期研究的课题。